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基因分型“芯片”將促進珊瑚保護行動

 

圖片來源于網絡

  2020827日,《科學報告》(Scientific Reports)期刊發表了一項由美國國家科學基金會(NSF)資助的關于新型芯片的研究,指出該芯片將幫助研究人員通過基因方式識別珊瑚以及存在于珊瑚細胞中的共生藻類,這對于珊瑚礁恢複行動中的遺傳多樣性建立和維持而言非常重要。 

  由于海洋變暖,全世界的珊瑚都受到了威脅。該基因分型芯片的設計目的是用于珊瑚礁的恢複和保護工作。該芯片也稱爲微陣列,使用了3萬多個單核苷酸多態性(SNP),SNP表示珊瑚基因組中不同位置的珊瑚單個DNA字母也各不相同。 

  對于珊瑚等通過無性繁殖形成大量種群的動物而言,對其基因類型進行標准化識別很有必要。研究人員因此開發了基于雜交的高分辨率基因類型陣列,並結合了針對特殊珊瑚屬、鹿角珊瑚屬及其共生體的分析工作流程和數據庫。爲了研究從加勒比海兩種鹿角珊瑚物種及其主要的共生體甲藻中獲得的基因組數據,研究人員設計了能夠共同分析基于雙等位基因的SNP標記物宿主和共生體陣列。SNP用于解析宿主(稱爲基株)和共生體(稱爲菌株)的多基因組基因類型,區分宿主種群並確定加勒比海鹿角珊瑚之間雜交珊瑚的祖先。盡管該芯片最初是針對加勒比海珊瑚設計的,但也可以用于太平洋珊瑚物種的分析。研究人員可以使用SNP基因位點的一個子集對太平洋鹿角珊瑚進行基因分型,通過添加標記物,還可以檢測BreviolumCladocopiumDurusdinium這三個屬的共生體。 

  NSF海洋科學部表示,這項技術對于珊瑚修複領域而言,將産生變革性的影響,因爲它將幫助科學家有效追蹤並監測抗病珊瑚及其共生體。另外,該芯片及其包含的在線分析有助于珊瑚生物多樣性遺傳識別手段的普及,從而幫助無法獲得提取DNA和分析數據所需的實驗室和計算資源的生物學家使用該芯片。 (薛明媚,王金平 編譯)

  來源:千金城彩票《资源环境科学动态監測快報》2020年第18             

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